Relacions amb les Corts Generals
La institució depèn de les Corts Generals, però gaudeix de plena independència per a l'exercici de les seves funcions
El Tribunal de Comptes depèn directament de les Corts Generals i exerceix les seves funcions per delegació de les mateixes en l'examen i comprovació del Compte General de l'Estat, mantenint una relació permanent amb elles a través de la Comissió Mixta Congrés-Senat per a les relacions amb el Tribunal de Comptes.
Les Corts Generals tenen reconeguda legalment la iniciativa per a sol·licitar del Tribunal de Comptes la realització d'actuacions fiscalitzadora concretes, mitjançant resolucions de la Comissió Mixta per a les relacions amb el Tribunal de Comptes, devent el Tribunal incorporar aquestes iniciatives al seu Programa de fiscalitzacions, tenint en compte la disponibilitat de recursos i la planificació dels seus procediments fiscalitzadors.
El Ple del Tribunal de Comptes aprova el Programa de fiscalitzacions de cada any i acorda la seva elevació a la Comissió Mixta per a les relacions amb el Tribunal de Comptes.
El resultat de les actuacions fiscalitzadores es recull en informes, memòries, mocions i notes, que aprova el Ple del Tribunal de Comptes, acordant la seva elevació a les Corts Generals. La Comissió Mixta Congrés-Senat per a les relacions amb el Tribunal de Comptes, prèvia compareixença del president/a del Tribunal, delibera respecte a cadascun dels informes, memòries, mocions i notes i dicta les resolucions oportunes.
En el cas de la Declaració sobre el Compte General de l'Estat, que dicta el Tribunal de Comptes per delegació de les Corts Generals, la Comissió Mixta per a les relacions amb el Tribunal de Comptes emet el seu dictamen amb les propostes de resolució, que s'eleven als Plens del Congrés i del Senat, sotmetent-se a debat de totalitat el dictamen i els acords annexos.
Després de l'adopció de les resolucions per la Comissió Mixta per a les relacions amb el Tribunal de Comptes –o, en el seu cas, pels Plens del Congrés i del Senat-, s'acordarà la publicació en el Boletín Oficial del Estado de les citades resolucions i de l'informe, memòria, moció o nota corresponent.
Així mateix, si en el curs dels procediments fiscalitzadors s'incomplís el deure de col·laboració amb el Tribunal de Comptes, previst legalment, el Tribunal podrà posar en coneixement de les Corts Generals la falta de col·laboració dels obligats a prestar-la-hi, sense perjudici de les restants actuacions incloses en l'article 30 de la Llei de Funcionament del Tribunal de Comptes.