Tiene carácter externo, permanente y consuntivo y se concreta en el conjunto de actuaciones del Tribunal de Cuentas para comprobar el sometimiento de la actividad económico-financiera del sector público a los principios de legalidad, eficiencia y economía. En la fiscalización se utilizan técnicas de auditoría idóneas a la fiscalización pretendida.

La Sección de Fiscalización está integrada por su Presidente y por los Consejeros de Cuentas que tengan a su cargo los departamentos sectoriales y territoriales de fiscalización. Le corresponde, entre otras funciones, examinar los procedimientos fiscalizadores tramitados en los departamentos en que se estructura y proponer al Pleno para su aprobación los proyectos de informes, memorias, mociones y notas. 

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Los procedimientos de fiscalización se rigen, además de por la legislación aplicable a los mismos, por las Normas de Fiscalización del Tribunal de Cuentas y los Manuales que las desarrollan. También resultan de aplicación las Normas ISSAI-ES, que constituyen la adaptación española de las Normas Internacionales de las Entidades Fiscalizadoras Superiores.

En el marco de la planificación a medio y largo plazo, el programa anual de fiscalizaciones recoge, para cada ejercicio, las iniciativas fiscalizadoras del Tribunal de Cuentas, las fiscalizaciones propuestas por las Cortes Generales -y, en su ámbito, las Asambleas Legislativas de las Comunidades Autónomas- y las que deban realizarse por mandato legal.

Los resultados de las fiscalizaciones que realiza el Tribunal de Cuentas se recogen en informes, memorias, mociones y notas.

El Tribunal de Cuentas facilita el acceso a los trámites y servicios relacionados con su función de fiscalización de forma electrónica, incluidos el acceso al Portal de rendición de cuentas de las entidades locales y a la Plataforma de remisión de contratos y relaciones anuales del sector público estatal y autonómico.

En todo caso, podrá acceder a la totalidad de servicios electrónicos a través de la Sede Electrónica.

El Tribunal de Cuentas mantiene un censo de entidades que conforman el sector público, en el que se consignan los datos esenciales para su identificación y el departamento o unidad que tenga atribuida la fiscalización. Se consideran como datos de identificación de las entidades en el censo los del Inventario de Entidades del Sector Público Estatal, Autonómico y Local (INVENTE), con las excepciones que sobre su contenido pudieran derivar del ejercicio de la función fiscalizadora del sector público y, en su caso, del funcionamiento de dicho registro público.