O Presidente do Tribunal de Contas representa á Institución e correspóndelle, entre outras funcións, convocar e presidir o Pleno e a Comisión de Goberno, exercer a xefatura superior do persoal, exercer a potestade disciplinaria en casos de faltas graves e dispoñer os gastos do Tribunal e a contratación de obras, bens, servizos e subministracións, cando sexan autorizados polo Pleno ou a Comisión de Goberno ou teñan carácter ordinario e periódico.

O Pleno é un órgano colexiado formado polos doce Conselleiros de Contas e o Fiscal Xefe do Tribunal de Contas e correspóndelle, entre outras atribucións, exercer a función fiscalizadora.

A Comisión de Goberno está formada polo Presidente do Tribunal de Contas e polos Presidentes das Seccións de Fiscalización e de Axuizamento do Tribunal e correspóndelle, entre outras competencias, manter relacións permanentes coas Cortes Xerais a través da Comisión Mixta Congreso-Senado para as relacións co Tribunal de Contas, exercer as facultades non reservadas especificamente ao Pleno ou ao Presidente do Tribunal en materia de persoal e réxime de traballo, distribuír os asuntos entre as Seccións, exercer a potestade disciplinaria en casos de faltas moi graves e elaborar e propoñer ao Presidente a orde do día das sesións do Pleno.

A Sección de Fiscalización está integrada polo seu Presidente e polos Conselleiros de Contas que teñan ao seu cargo os departamentos sectoriais e territoriais de fiscalización. Correspóndelle, entre outras funcións, examinar os procedementos fiscalizadores tramitados nos departamentos en que se estrutura e propoñer ao Pleno para a súa aprobación os proxectos de informes, memorias, mocións e notas.

A Sección de Axuizamento está integrada polo seu Presidente e polos Conselleiros de Contas aos que, como órganos de primeira instancia ou adscritos á Sala de Xustiza do Tribunal, corresponde coñecer dos procedementos xurisdicionais.

Os Conselleiros de Contas son elixidos polas Cortes Xerais, seis polo Congreso dos Deputados e seis polo Senado, por un período de nove anos. Son os titulares dos departamentos das Seccións de Fiscalización e de Axuizamento. Os primeiros levan a cabo o exame e comprobación das contas e a tramitación dos procedementos fiscalizadores correspondentes e os segundos son competentes para resolver, en primeira ou en única instancia, os procedementos de reintegro por alcance, os xuízos de contas e os expedientes de cancelación de fianzas.

A Fiscalía do Tribunal de Contas exerce as súas funcións conforme aos principios de unidade de actuación e dependencia xerárquica e con suxeición, en todo caso, aos principios de legalidade e imparcialidade. Debe ser oída en todos os procedementos de fiscalización antes da súa aprobación definitiva e emitir o seu ditame en relación coa Declaración sobre a Conta Xeral do Estado. Tamén lle corresponde exercitar a acción de responsabilidade contable e deducir as pretensións desta natureza nos procedementos de reintegro por alcance e nos xuízos de contas.

A Secretaría Xeral, cuxo titular é designado polo Pleno por proposta da Comisión de Goberno, exerce as atribucións de xestión, tramitación, documentación e rexistro dos asuntos da competencia do Presidente, do Pleno e da Comisión de Goberno. O Secretario Xeral exerce as funcións de secretario do Pleno e da Comisión de Goberno, con voz pero sen voto.