Además de las relaciones institucionales con los Órganos de Control Externo de las Comunidades Autónomas, el Tribunal de Cuentas lleva a cabo diversas actividades relacionadas con otras Instituciones nacionales, como Universidades o Colegios Profesionales, entre otras, en aras de una mayor eficacia y relevancia del control externo de la actividad económico-financiera del sector público y de la máxima difusión de las actuaciones del Tribunal de Cuentas.
En concreto, se han suscrito diversos convenios de colaboración con Universidades públicas y privadas con el fin de facilitar la formación de los alumnos en las materias relativas al control de la gestión pública. A raíz de dichos convenios, alumnos de tales Universidades han recibido formación teórica y práctica sobre la actividad del Tribunal de Cuentas.
Además, se ha suscrito un convenio con el Consejo General de los Procuradores de los Tribunales de España y con el Ilustre Colegio de Procuradores de Madrid, con objeto de facilitar el ejercicio de las actuaciones de ejecución de las sentencias firmes recaídas en los procedimientos de la jurisdicción contable para mejorar la eficacia en la restitución de los fondos públicos que hubieran sufrido algún perjuicio.
Resulta habitual, asimismo, la visita al Tribunal de Cuentas por parte de delegaciones de otras Instituciones con especial interés en el conocimiento de la actividad de control externo desarrollada, así como existe una relación frecuente con los restantes órganos constitucionales del Estado.