Son órganos del Tribunal de Cuentas el Presidente, el Pleno, la Comisión de Gobierno, las Secciones de Fiscalización y de Enjuiciamiento, los Consejeros de Cuentas, la Fiscalía y la Secretaría General. El Interventor, el Gabinete Técnico y el Servicio Jurídico del Estado tienen el carácter de órganos de apoyo y de otros órganos que actúan en el Tribunal.

La estructura del Tribunal de Cuentas responde a la naturaleza de sus funciones fiscalizadora y jurisdiccional. Dispone de varios órganos colegiados: el Pleno, la Comisión de Gobierno y las Secciones de Fiscalización y de Enjuiciamiento, con la composición y las funciones que establecen la Ley Orgánica y la Ley de Funcionamiento del Tribunal de Cuentas.

El Tribunal de Cuentas, con el propósito de procurar la igualdad efectiva entre mujeres y hombres, viene adoptando acuerdos y medidas en diversas áreas de su actividad, como por ejemplo en los Programas Anuales de Fiscalización, en la creación de la Comisión de Igualdad, en la elaboración de un Plan de Igualdad o en la normativa sobre conciliación.

El Estatuto del personal al servicio del Tribunal de Cuentas se encuentra regulado en el Título VI de su Ley de Funcionamiento. Dicho personal, tenga o no la condición de funcionario, se rige por los preceptos de ese Estatuto y, en su defecto, por la legislación general de la Función Pública y por las disposiciones de régimen interior que le sean aplicables.

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