La Institución se encuentra regulada por la Constitución Española, por la Ley Orgánica 2/1982, de 12 de mayo, del Tribunal de Cuentas, por la Ley 7/1988, de 5 de abril, de Funcionamiento del Tribunal de Cuentas, además de por diversas leyes específicas, como la Ley Orgánica 8/2007, de 4 de julio, sobre Financiación de los Partidos Políticos y la Ley Orgánica 5/1985, de 19 de junio, del Régimen Electoral General, entre otras.

Son funciones propias del Tribunal de Cuentas la fiscalización externa, permanente y consuntiva de la actividad económico-financiera del sector público y el enjuiciamiento de la responsabilidad contable en que incurran quienes tengan a su cargo el manejo de caudales o efectos públicos.

La Ley 15/2014, de 16 de septiembre, de racionalización del sector público y otras medidas de reforma administrativa ha atribuido al Tribunal de Cuentas una función consultiva en las reformas normativas que versen sobre su régimen jurídico o sobre el ejercicio de sus funciones fiscalizadora o jurisdiccional.

El Tribunal de Cuentas depende directamente de las Cortes Generales y ejerce sus funciones por delegación de las mismas en el examen y comprobación de la Cuenta General del Estado, manteniendo una relación permanente con ellas a través de la Comisión Mixta Congreso-Senado para las relaciones con el Tribunal de Cuentas.

El Tribunal de Cuentas tiene reconocida legalmente la autonomía presupuestaria, disponiendo el artículo 6 de su Ley Orgánica que el Tribunal elaborará su propio presupuesto, que se integrará en los Presupuestos Generales del Estado, en una sección independiente, y será aprobado por las Cortes Generales.