Aun cuando no pueda establecerse una relación directa con el Tribunal de Cuentas, tal y como está configurado en la actualidad, los antecedentes más remotos de la actividad de control económico-financiero del ámbito público se sitúan en la Alta Edad Media. En este contexto, cabe señalar la existencia de figuras como la del Mayor in Domus, recogido en el Código de las Partidas de Alfonso X el Sabio, el Contador Mayor en la Corte castellana y el Maestre Racional en el Reino de Aragón.
Bajo el reinado de Juan II, Rey de Castilla y León, tuvo lugar la creación de la Casa de Cuentas de Valladolid y la Contaduría Mayor de Cuentas, antecedentes históricos del Tribunal de Cuentas. En Navarra se constituyó la Cámara de Comptos, que asumió funciones de Tribunal de Justicia en materia de Hacienda.
En el siglo XVI, Felipe II dispuso la creación, en sustitución de las anteriores Instituciones, de un Tribunal de Contaduría, cuya finalidad era la de resolver sobre los contenciosos relativos a la gestión económico-financiera pública y su registro contable.
En la Constitución de 1812, aprobada por las Cortes de Cádiz, se dispuso la creación de una Contaduría Mayor de Cuentas “para el examen de todas las cuentas de los caudales públicos”. En 1828 se aprobó la Ordenanza por la que se crea el Tribunal Mayor de Cuentas, que estuvo vigente hasta 1851.
Durante el régimen establecido en la Constitución de 1845 se llevaron a cabo una serie de importantes reformas en la Administración financiera del Estado, aprobándose la Ley Orgánica del Tribunal de Cuentas de 1851, que constituye el auténtico germen de la Institución actual, atribuyéndole la fiscalización financiera de la Administración Pública.
En 1870 se aprobó una nueva Ley sobre Organización del Tribunal de Cuentas del Reino, que estuvo en vigor hasta que, en 1924, se creó el Tribunal Supremo de la Hacienda Pública, en el que quedaron integradas tanto las funciones de control externo como las de control interno del sector público.
La Constitución de 1931 estableció el Tribunal de Cuentas de la República como órgano fiscalizador de la gestión económica pública, aprobándose su Ley Orgánica en 1934.
Con posterioridad se fueron estableciendo normas de adaptación de la Institución al régimen político vigente, aprobándose una Ley de Organización, Funciones y Procedimientos del Tribunal de Cuentas del Reino en 1953, modificada en 1961, en la que se define al Tribunal de Cuentas como el órgano superior de control externo del Estado, con la función de informar al Jefe del Estado y a las Cortes del resultado de su actividad de fiscalización y con el reconocimiento de una auténtica función jurisdiccional.
En la actualidad, la Constitución Española de 1978 configura al Tribunal de Cuentas como el supremo órgano fiscalizador de las cuentas y de la gestión económico-financiera de todo el sector público, que es independiente del Poder Ejecutivo y se encuentra vinculado directamente a las Cortes Generales.